Les Maisons familiales rurales vont, peu à peu au cours de leur histoire, concevoir un système éducatif qui permet d’appréhender les personnes en formation dans toutes leurs dimensions.
Après avoir mis en œuvre, les premières années, de façon empirique, une alternance de stages et de séjours à l’école, elles vont préciser leur approche pédagogique largement inspirée des théories de « l’École nouvelle » dans le sens où les apprentissages, avant d’être une accumulation de connaissances, doivent être, pour elles, un facteur de développement global des individus.
Elles s’appuient, pour atteindre ces objectifs, sur les expérience en situation professionnelle en vraie grandeur, des activités pédagogiques permettant de lier les temps en milieu professionnel et familial et les temps à l’école, une formation professionnelle et une formation générale étroitement associée, la prise en compte de l’environnement des personnes, la production de savoirs, la valorisation de tous les talents, l’absence de compétition et de sélection scolaire…Ainsi, modèle alternatif à l’institution scolaire traditionnelle, les Maisons familiales rurales démontrent largement qu’il est possible de concevoir un système de formation qui réunit l’univers de l’école et les espaces familiaux, professionnels et culturels.
Tout cela n’aurait pas été possible sans l’invention d’une pédagogie adaptée : l’alternance. Mais l’alternance n’est pas une formule magique ou un simple slogan. Elle nécessite d’associer, dans une même dynamique éducative, différents lieux qui trop souvent s’ignorent, la famille, les loisirs, l’école, le monde du travail, et d’avoir la volonté de mobiliser, hors et dans l’école, autour du même but, tous les adultes que rencontre un jeune au cours de son projet de formation.